Принцип дії молочного сепаратора простий: на швидкості, під впливом відцентрових сил компоненти, що містяться в молоці, різної щільності поділяються. Більш важка рідка частина молока притискається до бокових стінок, тоді як більш легкі маслянисті фракції групуються ближче до центру.
