Військо було утворено в 1860 році при об'єднанні Чорноморського козачого війська 176 тис. душ обох статей (у тому числі 866 селян), з Кавказьким лінійним козацьким військом 269 тис. душ обох статей (у тому числі 665 селян), яке "скасовувалося за непотрібністю" внаслідок завершення кавказької війни.
1792 року чорноморським козакам було запропоновано переселиться на Кубань і зайняти нижню течію цієї річки. На той час було переселено понад чотирнадцять тисяч чоловік, з яких понад сім тисяч чоловіків. Козаки зайняли територію в тридцять тисяч квадратних верст і 1794 р.
У 1792-1794 pp. Чорноморське козацьке військо було переселено на Правобережну Кубань. І саме з цього моменту прийнято вважати час початку освоєння козаками кубанських земель. Однак чисельність війська виявилася недостатньою для охорони кордону та економічного освоєння цього регіону.
У 1794 році, переселені на Кубань донські козаки заснували кілька станиць вгору по річці Кубані від Усть-Лабінської фортеці та становили собою Кубанський козачий полк. У 1801–1804 роках. ряд козацьких станиць на Кубані заснували козаки Катеринославського козачого війська, утворивши таким чином Кавказький козачий полк.
