У апараті Гольджі відбувається формування «триспрямованого білкового потоку»: дозрівання та транспортування білків плазматичної мембрани; дозрівання та транспорт секретів; дозрівання та транспортування ферментів лізосом.
Комплекс Гольджі бере участь у накопиченні продуктів, синтезованих в ендоплазматичній мережі, в їх хімічній перебудові та дозуванні. Основні його функції сортування синтезованих речовин та виведення їх з клітини, а також формування мембран, утворення лізосом.
Апарат Гольджі, також званий комплексом Гольджі – органела зустрічається, як у клітинах рослин, так і тварин, і зазвичай складається з сукупності чашоподібних відділів з мембраною, званих цистернами, які виглядають як стос здутих повітряних куль.